Als Werftleiter bezeichnet man, abhängig von der Nutzung der betreffenden Anlage, den zivilen oder militärischen Leiter einer Raumschiffwerft. Ursprünglich aus der irdischen Seefahrt stammend, benutzt man diesen Begriff auch weitgehend in der Raumfahrt.
Dem Werftleiter untersteht das gesamte Personal einer Raumschiffwerft. Ebenso liegt in seinem Entscheidungsbereich, in welcher Reihenfolge Raumschiffe abgefertigt, produziert oder repariert werden. Während bei einem zivilen Werftleiter dabei oft finanzielle Überlegungen im Vordergrund stehen, fließen in die Entscheidungen eines militärischen Werftleiters zumeist taktische bzw. strategische Überlegungen mit ein.