Als Quarantäne wird eine Maßnahme bezeichnet, die dem Schutz einer Gesellschaft vor ansteckenden Krankheiten dient. Sie ist im Regelfall zeitlich befristet, und wird zumeist behördlich angeordnet. Genauer handelt es sich hier um eine Separation von Lebewesen oder Pflanzen, die verdächtig sind, an bestimmten Infektionskrankheiten erkrankt oder Überträger dieser Krankheiten zu sein.
Bei Import von Tieren und Pflanzen ist die Quarantäne überdies zum Ausschluss der Krankheitsverbreitung in den Einfuhrbestimmungen des jeweiligen Machtbereiches präventiv vorgesehen. Die Zeitdauer einer angeordneten Quarantäne richtet sich nach der Inkubationszeit der vermuteten Krankheit. Die Quarantäne ist eine zumeist sehr aufwendige, aber auch sehr wirksame seuchenhygienische Maßnahme, die insbesondere bei hochansteckenden Krankheiten mit hoher Sterblichkeit angewendet wird.