Der Heimathafen eines Schiffes ist der Ort, an dem das Schiff in einem dort geführten Schiffsregister registriert ist. Bei Binnenschiffen spricht man eher von Heimatort.
Ein Schiff muss diesen Hafen nicht zwingend irgendwann anlaufen. Schiffe, die die Flagge eines Binnenlandes führen, sind dazu oftmals überhaupt nicht in der Lage. Auch durch Ausflaggung gibt es Schiffe, die in ihrem Heimathafen noch nie gesehen wurden.
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Dieser Begriff wird außerhalb der Erde fast nur noch für Raumschiffe verwendet. Sowohl für zivile Frachter und Passagierraumschiffe, als auch für Kriegsschiffe.