Ein Flaggoffizier ist ein zur Führung einer eigenen Rangflagge berechtigter Offizier in einem höheren Dienstgrad als Kapitän zur See, bzw. Oberst, also in einem Admiralsrang oder einem Generalsrang.
Die Bezeichnung Flaggoffizier leitet sich davon ab, dass diese auf bestimmten Dienstposten als Kommandozeichen eine eigene Flagge führen. Flaggoffiziere, die an Land Kommandofunktionen ausüben, führen die Flagge in der Regel vor oder auf dem Dienstgebäude.